Dialisis kolon menggunakan mukosa kolon sebagai membran semi permeabel dan menyuntikkan cairan dialisis ke dalam lumen kolon. Dengan menggunakan gradien konsentrasi zat terlarut dan gradien tekanan osmotik dalam darah dan cairan dialisis dalam kapiler yang dipisahkan oleh mukosa kolon, air dan produk metabolisme yang tertahan di dalam tubuh dihilangkan dengan difusi dan osmosis, dan zat-zat ini dikeluarkan dari tubuh dengan cairan dialisis, sementara zat-zat yang diperlukan diisi kembali oleh cairan dialisis. Cairan dialisis terus menerus diganti dan diulang untuk membuang racun, dehidrasi tubuh dan memperbaiki gangguan keseimbangan asam-basa air dan elektrolit. Faktor utama yang mempengaruhi efektivitas dialisis adalah konsentrasi ionik dialisat, nilai pH, dan osmolaritas.