Gigi bungsu bisa sangat menyakitkan karena harus mendorong jaringan otot selama pertumbuhan. Pencabutan gigi bungsu secara klinis mencakup pencabutan tradisional maupun pencabutan invasif minimal. Yang pertama mungkin terasa nyeri selama sekitar satu minggu, sedangkan yang kedua mungkin tidak terasa nyeri secara signifikan selama sekitar 24 jam. Dalam kasus luar biasa, rasa nyeri dapat berlanjut untuk waktu yang lama. Metode tradisional pencabutan gigi bungsu terutama melibatkan penggunaan palu dan pahat, tetapi metode ini memiliki kelemahan utama karena cenderung menyebabkan kerusakan pada gigi lain dan durasi rasa sakit yang terkait dengan pencabutan gigi bungsu terkait dengan kesulitan pencabutan gigi. Setelah gigi bungsu dicabut, dianjurkan untuk meminum obat antiinflamasi dan penghilang rasa sakit, dan rasa sakit biasanya akan hilang dalam waktu seminggu. Pencabutan invasif minimal merupakan metode yang sangat banyak digunakan dalam praktek klinis untuk mencabut gigi bungsu. Metode ini membutuhkan keterampilan tingkat tinggi dari dokter dan peralatan rumah sakit, dan tidak ada risiko komplikasi. Selain itu, prosedur ini tidak terlalu traumatis terhadap gigi di mulut tubuh dan tidak menyebabkan pendarahan, nyeri atau pembengkakan gusi, dan rasa sakit biasanya hilang dalam waktu 24 jam. Secara luar biasa, karena lokasi, kedalaman dan sifat infeksi gigi bungsu, soket kosong dapat terjadi setelah pencabutan gigi bungsu. Hal ini menyebabkan pencabutan gigi bungsu dan ketidaknyamanan yang menyakitkan, biasanya selama sekitar 1 bulan. Selama waktu ini diperlukan penambalan trauma yang konstan untuk memungkinkan trauma kembali normal dan sakit gigi menghilang. Selain itu, jangan merokok, minum alkohol, atau makan makanan yang keras atau terlalu keras dalam waktu dekat setelah pencabutan gigi. Jangan berkumur atau menyikat gigi selama 24 jam. Lamanya rasa sakit setelah pencabutan gigi bungsu biasanya terkait dengan metode yang dipilih untuk mencabut gigi bungsu dan tingkat kesulitannya.