Terjadinya batu pigmen empedu berkaitan erat dengan struktur diet, praktik kebersihan dan infeksi saluran empedu. Penyebab utamanya adalah infeksi saluran empedu. Infeksi dapat berupa parasit, bakteri atau keduanya (campuran). Infeksi saluran empedu dapat menyebabkan lesi pada mukosa saluran empedu, stasis empedu, dll., yang pada akhirnya dapat menyebabkan batu pigmen empedu. Batu pigmen empedu biasanya longgar dan empedu pada awalnya dapat disaring melalui batu. Setelah peradangan saluran empedu berkembang, gejala obstruksi saluran empedu dapat memburuk dan nyeri perut dapat menjadi lebih parah dengan serangan demam, yang mungkin sedang hingga tinggi dan dapat menyebabkan peningkatan progresif penyakit kuning.