Transplantasi kornea adalah pengangkatan kornea keruh yang sakit dan transplantasi dengan kornea alogenik yang jernih untuk memulihkan penglihatan pasien; atau pengangkatan lesi nekrotik dan inflamasi untuk menangani kondisi inflamasi kornea tertentu guna mengendalikan infeksi dan menjaga mata. Tergantung pada metode perawatan dan tujuannya, transplantasi kornea dapat dibagi menjadi transplantasi kornea tembus dan transplantasi kornea lamelar. Cangkok kornea lamelar adalah cangkok kornea dengan ketebalan parsial, di mana jaringan yang sakit di depan kornea diangkat, menyisakan jaringan di bawahnya sebagai alas cangkok, yang biasanya sangat tipis, bahkan hanya menyisakan lapisan elastis dan endotel di bagian belakang. Oleh karena itu, transplantasi kornea lamelar dapat dilakukan pada semua lesi kornea yang tidak menyerang stroma kornea dalam atau lapisan elastis posterior, dan di mana endotelnya sehat atau dapat dipulihkan. Biasanya digunakan pada mata dengan kekeruhan kornea superfisial atau distrofi kornea, keratitis atau ulkus progresif, fistula kornea, tumor kornea, serta pada mata dengan kondisi yang tidak memungkinkan untuk dilakukannya transplantasi kornea tembus pandang, untuk memperbaiki kondisi kornea. Transplantasi kornea tembus pandang adalah metode penggantian lapisan penuh kornea keruh dengan lapisan penuh kornea jernih. Indikasi yang umum adalah kornea berbentuk kerucut, jaringan parut pada kornea akibat berbagai penyebab, distrofi kornea, dan kegagalan sel endotel kornea. Transplantasi kornea modern juga mencakup transplantasi kornea lamelar posterior dan transplantasi endotel kornea, terutama bagi mereka yang mengalami kehilangan endotel kornea tanpa kelainan lapisan stroma, seperti keratopati vesikular besar, distrofi endotel kornea, dan lain-lain. Transplantasi sel punca limbal kornea meliputi transplantasi autologus, transplantasi alogenik, dan transplantasi sel yang dikultur. Untuk pasien dengan kerusakan atau kekurangan sel punca limbal kornea yang parah, transplantasi sel punca limbal kornea harus dilakukan dengan baik sebelum transplantasi kornea dapat dilakukan, jika tidak, maka transplantasi kornea akan gagal.