Tidak ada kerugian yang nyata setelah periode stabilitas yang dicapai setelah perawatan ortodontik, dan mungkin ada beberapa tingkat pemendekan akar gigi sebelum dan sesudah perawatan ortodontik secara keseluruhan, tetapi besarnya sangat kecil sehingga pada dasarnya dapat diabaikan. Kerugian utama dari perawatan ortodontik adalah radang gusi, masalah periodontal, dan gigi goyang, atau bahkan gigi tanggal, dapat terjadi selama proses ortodontik. Karena rangsangan ortodontik dan dampak dari pergerakan gigi selama ortodontik dapat menyebabkan masalah periodontal yang mengakibatkan resesi gusi dan resorpsi tulang alveolar, maka diperlukan kebersihan periodontal yang baik dalam proses ortodontik. Pembersihan yang sistematis sebelum perawatan ortodontik dan pembersihan gigi setiap hari dengan sikat gigi profesional selama perawatan ortodontik relatif dapat meminimalkan masalah periodontal selama perawatan ortodontik.