SLE adalah salah satu penyakit kekebalan rematik yang lebih berbahaya dan dapat mempengaruhi banyak organ sistemik tubuh, dengan tingkat kematian yang tinggi pada satu waktu. Sebagian pasien dengan SLE hanya memiliki sedikit lesi organ sistemik, seperti ruam dan artritis. Prognosis umumnya baik. Namun demikian, sebagian pasien dapat mengalami kerusakan permanen pada organ vital seperti paru-paru, jantung dan ginjal, yang lebih merusak fungsi fisik dan memiliki tingkat kematian tertentu. Namun demikian, dengan meningkatnya jumlah metode diagnostik dini dan perbaikan dalam pengobatan, tingkat kelangsungan hidup pasien SLE kini telah mencapai 90% pada 10 tahun dan 80% pada 15 tahun, dan sebagian besar pasien dapat bekerja dan hidup seperti orang normal. Namun, perlu dicatat bahwa, karena manifestasi klinis SLE yang kompleks dan bervariasi, tingkat keparahan penyakit bervariasi dari pasien ke pasien. Untuk pasien dengan onset akut, perkembangan penyakit yang cepat, lupus parah dengan kerusakan serius pada beberapa organ penting, atau krisis lupus, penyakit ini lebih berbahaya dan masih memiliki tingkat kematian tertentu jika tidak diobati secara aktif. Bagi penderita lupus, penting untuk mempertahankan sikap optimis dan mengobati penyakit secara efektif.