SLE adalah salah satu penyakit kekebalan rematik yang lebih berbahaya dan dulunya memiliki tingkat kematian yang tinggi, tetapi dengan pengobatan yang lebih baik, prognosis untuk penyakit ini telah meningkat secara signifikan dan rata-rata kelangsungan hidup pasien telah meningkat secara signifikan. SLE secara historis dianggap sebagai penyakit dengan angka kematian tinggi karena kerusakan permanen pada organ vital tubuh dan kerusakan yang ditimbulkannya. Misalnya, pada tahun 1950-an, tingkat kelangsungan hidup empat tahun untuk pasien SLE hanya 50%. Namun, dengan meningkatnya ketersediaan diagnosis dini dan pengobatan yang lebih baik, tingkat kelangsungan hidup 10 tahun untuk pasien SLE kini telah mencapai 90% dan tingkat kelangsungan hidup 15 tahun dapat mencapai 80%, dan sebagian besar pasien dapat bekerja dan hidup seperti orang normal. Namun, perlu dicatat bahwa, karena manifestasi klinis SLE yang kompleks dan beragam, tingkat keparahan penyakit bervariasi dari pasien ke pasien. Untuk pasien dengan onset akut, perkembangan penyakit yang cepat, lupus parah dengan kerusakan serius pada beberapa organ penting, atau krisis lupus, penyakit ini lebih berbahaya dan masih memiliki tingkat kematian tertentu. Hasilnya, SLE secara bertahap berubah dari keadaan darurat yang eksplosif, tidak terkendali dan mematikan seperti dulu, menjadi penyakit kronis yang dapat dikelola. Bagi sebagian besar pasien SLE, prognosisnya lebih baik dan tingkat kelangsungan hidup lebih tinggi setelah diagnosis dini dan pengobatan yang sistematis dan terstandardisasi.