Presentasi klinis dan perubahan patologis penyakit Crohn sangat mirip dengan tuberkulosis usus, yang sering menyebabkan kesalahan diagnosis, bahkan dengan biopsi, dan harus menjadi perhatian dokter. Perbedaan utama antara kedua penyakit ini adalah: (1) pasien dengan tuberkulosis usus sering dipersulit oleh tuberkulosis paru; (2) obstruksi usus yang tidak lengkap, fistula usus dan abses organ lebih sering terjadi pada penyakit Crohn daripada tuberkulosis usus; (3) penyakit Crohn memiliki perjalanan yang panjang dan pengobatan anti-tuberkulosis tidak efektif; (4) tuberkulosis usus dan penyakit Crohn paling sering terjadi di daerah ileocecal, tetapi pemendekan daerah ileocecal lebih sering terjadi pada tuberkulosis usus pada X-ray dan kurang pada penyakit Crohn. Pemeriksaan endoskopi tuberkulosis usus menunjukkan sebagian besar ulkus melingkar, sedangkan penyakit Crohn menunjukkan sebagian besar ulkus longitudinal; biopsi jaringan tuberkulosis usus menunjukkan granuloma nekrotik caseous atau basil tuberkel, sedangkan penyakit Crohn menunjukkan perubahan granulomatosa tanpa nekrosis caseous dan basil tuberkel.