Diagnosis endokarditis perlu ditegakkan dari presentasi gejala dan pemeriksaan penunjang.
Secara klinis, pasien datang dengan berbagai tingkat demam dengan pola demam yang tidak teratur dan berkepanjangan, bersama dengan kelelahan kronis, berkeringat di malam hari, kehilangan nafsu makan, penurunan berat badan, nyeri sendi, dan kulit pucat; adanya murmur dan manifestasi jantung yang lebih keras; atau adanya nyeri perut, hematuria, dll., dikombinasikan dengan temuan kultur darah bakteri dan temuan ultrasonografi jantung dari katup abnormal dengan organisme yang berlebihan, umumnya bersifat diagnostik.