Penyebab urine berbau adalah infeksi purulen pada saluran kemih, seperti uretritis, sistitis akut, pielonefritis, abses ginjal, TBC ginjal dan penyakit lainnya, karena urine mengandung banyak sel nanah dan produk metabolisme bakteri yang menyebabkan urine berbau, dan juga akan sering buang air kecil, desakan, nyeri kemih, hematuria, dan iritasi kandung kemih lainnya, yang perlu didiagnosis dengan pemeriksaan rutin urine dan kultur urine. Hal ini juga terkait dengan kebiasaan diet pribadi. Misalnya, setelah makan makanan berkalori tinggi, tinggi gula dan daging, dapat menyebabkan peningkatan kandungan protein dalam urin, ketika sejumlah kecil bakteri dalam urin memecah protein akan menyebabkan urin berbau. Pria yang disunat atau fimosis memiliki banyak sekresi lokal dan sisik kulup, dan ketika dikombinasikan dengan infeksi bakteri, juga akan ada bau amis saat buang air kecil.