Efek samping utama yang timbul dari eugenol oral terutama terkait dengan overdosis obat: 1. Dapat menyebabkan detak jantung yang cepat. 2. Pada pasien yang lebih tua, dapat menyebabkan serangan angina. 3. Mudah mengembangkan osteoporosis. Namun, efek samping di atas harus terjadi ketika dosis Eugenol tidak dievaluasi secara memadai dan Eugenol digantikan oleh overdosis. Ketika pasien mengonsumsi Eugenol secara oral untuk menggantikan fungsi tiroid mereka dalam kisaran yang benar-benar normal, efek samping di atas tidak akan terjadi. Oleh karena itu, pasien dengan hipotiroidisme disarankan untuk memantau perubahan fungsi tiroid secara teratur selama pemberian Eugenol oral jangka panjang dan menyesuaikan dosis Eugenol secara tepat waktu. Secara khusus, jika detak jantung pasien yang cepat kemungkinan disebabkan oleh penggantian Eugenol yang berlebihan, fungsi tiroid harus ditinjau dan dosis Eugenol harus dikurangi jika menunjukkan bahwa kadar tiroid memang meningkat.