Komplikasi pembedahan DTC meliputi perdarahan, infeksi insisi, obstruksi pernapasan, cedera paratiroid (hipokalsemia sementara atau permanen), cedera saraf retrolaringeal, cedera saraf supraglotis dan komplikasi terkait anestesi. Data asing menunjukkan bahwa setelah tiroidektomi total, tingkat cedera pada saraf laring berulang adalah 4,3%, tingkat cedera bilateral pada saraf laring berulang adalah 0,6% (setengah dari pasien ini menjalani trakeotomi), tingkat hipokalsemia simtomatik adalah 14,0% (hipokalsemia permanen adalah 2,2%), tingkat perdarahan pasca operasi adalah 8,0% dan tingkat infeksi insisional adalah 0,4%. Insiden komplikasi pembedahan terkait dengan pengalaman operator. Untuk menghindari komplikasi pembedahan, direkomendasikan bahwa: penilaian risiko pra-operasi pembedahan yang memadai (misalnya, bagaimana fungsi pernapasan, adanya infeksi pernapasan, pita suara normal, kompresi trakea, adanya penyakit lain yang mendasarinya, dll.) dilakukan. Jika trakea tertekan dan melunak, trakea yang melunak harus ditangguhkan dari otot sternokleidomastoid atau kelompok otot serviks anterior, dan dalam kasus yang parah, trakeotomi harus dilakukan pada waktu yang tepat. Jika kelenjar paratiroid tidak sengaja diangkat, jaringan paratiroid yang diekskresikan harus dikonfirmasi dan dipotong menjadi irisan tipis atau butiran dan ditanamkan pada otot sternokleidomastoid atau otot tali di dalam area operasi.