Ada dua jenis fisura ani pada penyakit Crohn (CD): i. Fisura ani primer tidak terkait dengan penyakit Crohn dan penampilan lesi tidak berbeda dari fisura ani normal, dengan ciri-ciri yang khas: ulkus dangkal, terletak di garis median, memanjang dari bawah garis dentate ke tepi luar saluran anus. Perawatan berikut ini biasanya efektif: mandi sitz, obat bius dan salep hormonal, dan pengendalian diare. Fisura anal primer jarang terjadi pada pasien dengan penyakit Crohn. Fisura idiopatik yang terkait dengan fisura CD CD ditandai dengan ulkus yang dalam, lebar dan kadang-kadang banyak, sering terletak di lateral, jauh dari garis median dan sering dikaitkan dengan kondisi perianal lainnya. Meskipun lesi ini mungkin tampak parah, mereka biasanya tanpa gejala atau gejala ringan, dan literatur melaporkan bahwa 40% -85% dari celah CD menyakitkan. 80% atau lebih dari celah CD sembuh secara spontan. Jika terdapat CD perianal aktif, metronidazol oral, enema asam 5-aminosalisilat atau supositoria anal dapat diberikan, dan imunosupresan juga dapat dipertimbangkan. Jika fisura ani menyebabkan rasa sakit, perhatian harus diberikan pada adanya abses atau pembentukan fistula. Jika fisura tidak sembuh dan gejalanya tetap ada, proktitis perlu disingkirkan. Fisura CD tidak boleh diobati dengan pengangkatan fisura. Fisura sederhana dengan tekanan kanal anal yang tinggi dan tidak ada peradangan rektal mungkin efektif untuk lateralisasi sfingter internal. Sebagian besar fisura yang tidak sembuh dengan pengobatan medis dapat disembuhkan dengan laparotomi sfingter internal jika tidak terkait dengan proktitis. Jika sfingterotomi internal tidak dilakukan, abses atau fistula anal pada akhirnya bisa terbentuk. Pembedahan harus dihindari jika proktitis juga ada. Beberapa pasien dengan CD dapat mengembangkan jenis ulkus kanal anal tertentu yang lebar dan menembus, yang melibatkan sebagian besar kanal anal, bahkan dengan cara melingkar, dan tidak dapat menerima pengobatan lokal konvensional. Ulkus besar yang membentuk rongga sering menyebabkan nyeri perianal yang parah, dengan hingga 56% pasien mengalami nyeri persisten yang parah dan 35% mengalami buang air besar yang menyakitkan. Pengobatan lokal seperti debridemen granulasi dan suntikan lokal glukokortikoid (bersama dengan azathioprine oral) mungkin efektif, tetapi pasien-pasien ini sering membutuhkan reseksi rektum dan pengalihan feses.