Manifestasi klinis defek septum atrium dibagi menjadi tiga tahap: masa bayi, masa kanak-kanak, dan masa dewasa. Sebagian besar cacat septum atrium pada masa bayi tidak menunjukkan gejala, dan penyakit ini terdeteksi oleh murmur jantung selama pemeriksaan fisik rutin; di masa kanak-kanak, penyakit ini dapat dimanifestasikan sebagai kelemahan, sesak napas setelah beraktivitas, dan kasus pirau yang besar dapat menyebabkan volume darah yang tidak mencukupi dalam sirkulasi, yang memengaruhi perkembangan anak, yang lebih kecil, kurus, lesu, berkeringat dan sesak napas setelah beraktivitas dan rentan terhadap bronkiolitis atau pneumonia karena penyumbatan paru-paru, dan saat ia menangis dan menderita pneumonia atau gagal jantung. Tekanan atrium kanan dapat melebihi tekanan atrium kiri, dengan shunting kanan-ke-kiri sementara dan sianosis; gagal jantung dan sianosis persisten dapat terjadi pada usia dewasa.