Melalui akumulasi dan rangkuman data klinis dan studi eksperimental, telah ditemukan bahwa ada banyak penyebab bayi kecil untuk usia kehamilan selain faktor nutrisi. Perawakan ibu yang pendek dapat menyebabkan bayi kecil untuk usia kehamilan dan ibu dengan perawakan pendek memiliki peluang lebih besar untuk memiliki bayi kecil. Satu studi menemukan bahwa tinggi rata-rata ibu pada kelompok bayi kecil untuk usia kehamilan adalah 156 cm, dibandingkan dengan 161 cm pada kelompok bayi baru lahir normal, perbedaan yang sangat signifikan. Kehamilan multipel sering kali menghasilkan bayi kecil untuk usia kehamilan. Kembar dan kembar tiga lebih kecil. Kadang-kadang dengan bayi kembar, yang satu memiliki berat badan normal dan yang lainnya kecil untuk usia kehamilan. Hal ini mungkin disebabkan oleh suplai darah yang tidak merata ke plasenta, dengan yang memiliki suplai darah lebih banyak lebih besar dan yang memiliki suplai darah lebih sedikit lebih kecil, atau mungkin karena transfer darah antara kedua janin. Hipoksia intrauterin kronis juga merupakan penyebab penting bayi kecil untuk usia kehamilan. Sebagai contoh, perdarahan vagina sebelum 28 minggu, hipertensi gestasional yang parah, diabetes mellitus yang parah dengan penyakit pembuluh darah, penyakit kardiovaskular atau ginjal kronis, serta lokasi ibu di dataran tinggi atau merokok (lebih dari 5 batang per hari) dapat mengurangi aliran darah plasenta dan menyebabkan hipoksia kronis serta kekurangan nutrisi pada janin, yang berakibat pada pertumbuhan janin yang buruk dan ukurannya yang kecil pada saat lahir. Kelainan pada plasenta atau tali pusat juga dapat memengaruhi pertumbuhan janin, karena plasenta dan tali pusat memasok janin dengan nutrisi dan oksigen. Jika plasenta memiliki hemangioma, plasenta kecil atau displasia plasenta, penyumbatan pembuluh darah plasenta, pembuluh darah abnormal pada tali pusat dan aliran darah yang tidak mencukupi ke rahim dapat memengaruhi nutrisi dan suplai oksigen, yang mengakibatkan retardasi pertumbuhan janin. Infeksi intrauterin adalah penyebab penting lain dari retardasi pertumbuhan janin. Patogen pertama kali menyerang plasenta dari ibu melalui leher rahim atau aliran darah, menyebabkan peradangan, yang selanjutnya menyerang embrio atau janin yang menyebabkan retardasi pertumbuhan janin dan malformasi. Patogen yang umum termasuk berbagai virus (misalnya rubella, cytomegalovirus, virus herpes, virus coxsackie coxsackie, virus yatim piatu, dan virus hepatitis B) dan Toxoplasma gondii (ditularkan melalui kontak dengan anjing dan kucing) yang dapat menyebabkan bayi berukuran kecil untuk usia kehamilan. Selain itu, kelainan kromosom tertentu, penyakit genetik dan bawaan juga dapat menyebabkan bayi lahir pendek.