Diagnosis klinis prostatitis kronis didasarkan pada riwayat, gejala dan pemeriksaan fisik, dilengkapi dengan tes laboratorium. Sistouretrografi, pielogram intravena, endoskopi dan sistometri diperlukan untuk pasien yang berulang untuk memahami lebih lanjut adanya lesi di area lain. (1) Riwayat masa lalu: Riwayat uretritis, obstruksi uretra, infeksi saluran kemih, dan prostatitis. (2) Gejala: Siapa pun yang memiliki gejala iritasi saluran kemih, testis dan selangkangan yang nyeri dan sakit, ketidaknyamanan lumbosakral dan perineum, dan tidak ada temuan lain pada pemeriksaan fisik harus dipertimbangkan untuk diagnosis prostatitis kronis. (3) Pemeriksaan dubur: Pasien dengan prostatitis kronis memiliki prostat yang sedikit membesar dengan kelembutan permukaan yang tidak merata dan nyeri tekan yang ringan. Pada beberapa pasien, benjolan keras seperti nodul dapat teraba pada permukaan prostat, tetapi tidak keras, tanda fibrosis dan adanya alur tengah. (4) Pemeriksaan laboratorium: Pemeriksaan ini meliputi pemeriksaan rutin cairan prostat, kultur urin dan cairan prostat yang terlokalisasi secara segmental, penentuan pH cairan prostat dan kandungan seng, biopsi dan kultur jaringan prostat, serta titer antibodi serum, yang terakhir ini jarang digunakan dalam praktik klinis, namun sangat penting untuk kepentingan ilmiah. (5) Uretroskopi dapat dilakukan jika diperlukan: perubahan inflamasi kronis pada uretra, pembengkakan tubulus seminiferus, dan saluran prostat yang mengalir. Uroflowmetri dan sistouretrografi juga dapat dilakukan, yang keduanya memiliki signifikansi skrining.