Apakah malformasi saluran cerna janin dapat dideteksi dengan USG 4D sebagian besar ditentukan oleh jenis malformasi saluran cerna janin dan tingkat keparahannya. Umumnya USG 4D dapat mendeteksi masalah seperti megakolon bawaan dan pelebaran saluran usus. Selain pengamatan langsung dengan USG, indikator USG lainnya juga dapat digunakan untuk menentukan malformasi GI secara tidak langsung. Misalnya, ketika ada atresia janin, sering kali disertai dengan kelebihan cairan ketuban, sehingga ketika USG menunjukkan kelebihan cairan ketuban, perawatan harus dilakukan untuk mengesampingkan kemungkinan malformasi GI. MRI janin juga merupakan cara untuk menilai adanya malformasi GI, yang mungkin tidak selalu terdeteksi oleh USG 4D jika malformasi GI janin ringan.