Berdasarkan poin-poin diagnostik yang direkomendasikan oleh Organisasi Kesehatan Dunia (WH0), penyakit Crohn dapat didiagnosis menurut kriteria berikut ini, setelah mengecualikan infeksi usus kronis seperti TBC usus, disentri amuba, infeksi Yersinia pestis, limfoma usus, divertikulitis, enteritis iskemik dan leukoaraiosis. — Kriteria diagnostik WHO adalah: (1) lesi usus yang terputus-putus atau regional; (2) apa yang kita sebut lesi segmental; (3) mukosa usus dengan penampilan seperti kerikil yang diaspal atau dengan ulkus longitudinal; (4) inflamasi total. lesi usus dengan massa atau striktur; – jika tidak ada pembedahan, penebalan dinding usus dapat disarankan pada CT dan MRI ④ granuloma non-kasus seperti penyakit nodular; – ini adalah presentasi yang paling khas secara patologis, tetapi jarang terlihat pada spesimen yang diperoleh dengan kolonoskopi ⑤ fisura atau fistula; ⑥ lesi anal dengan ulkus refraktori, fistula atau fisura anal. Diagnosis WH0 dicurigai dengan ①, ② dan ③, dan dikonfirmasi dengan penambahan salah satu dari tiga item ④, ⑤ dan ⑥. Jika Anda memiliki item 4, diagnosis dapat dikonfirmasi dengan menambahkan dua item 1, 2 dan 3.