Penyakit Crohn memiliki kecenderungan untuk kambuh dan tingkat kekambuhan tetap tinggi bahkan setelah operasi. Oleh karena itu, dalam kebanyakan kasus, penyakit Crohn diobati terutama dengan pengobatan internal. Pembedahan hanya dipertimbangkan dalam kasus-kasus berikut: 1. Pasien refrakter yang pengobatan medis agresifnya (beberapa bulan) telah gagal; 2. Pasien dengan komplikasi parah, termasuk obstruksi usus karena striktur usus, perforasi usus, fistula, kehilangan darah kronis atau perdarahan yang bersifat peptikum (ketika pengobatan medis konservatif telah gagal), megakolon toksik, infeksi intra-abdomen dengan pembentukan abses atau kanker; 3. Malnutrisi yang telah gagal dengan pengobatan medis, terutama ketika hambatan pertumbuhan terjadi pada pasien remaja. Telah dilaporkan bahwa sebagian besar pasien dengan Crohn juga menunjukkan kekambuhan gejala endoskopi atau klinis setelah reseksi, dengan tingkat kekambuhan endoskopi sekitar 28%-73% dan tingkat kekambuhan gejala sekitar 50% 1 tahun setelah operasi. Oleh karena itu, pencegahan kekambuhan pascaoperasi sangatlah penting. Penelitian telah menunjukkan bahwa 6-MP atau AZA efektif dalam mencegah kekambuhan penyakit Crohn setelah operasi. 2-4 minggu setelah operasi, AZA dimulai dalam kombinasi dengan metronidazole dan tingkat kekambuhan endoskopi adalah 34,3% setelah 3 bulan dibandingkan dengan 52,6% pada kelompok kontrol. 43,7% setelah 1 tahun dibandingkan dengan 69% pada kelompok kontrol. Namun demikian, penggunaan klinis AZA dibatasi oleh fakta bahwa sebagian besar pasien tidak toleran terhadapnya. Pada 1 tahun, tingkat peradangan mukosa endoskopi secara signifikan lebih rendah dan tingkat kekambuhan endoskopi dan tingkat kekambuhan peradangan histologis secara signifikan lebih baik daripada kelompok kontrol. Studi terbaru menunjukkan bahwa pasien yang diberikan infliximab segera 2-4 minggu setelah pembedahan memiliki tingkat kekambuhan yang secara signifikan lebih rendah, tingkat remisi klinis yang secara signifikan lebih tinggi, dan tingkat penyembuhan mukosa lengkap yang secara signifikan lebih tinggi pada tindak lanjut 3 tahun (72% vs 20%) dibandingkan dengan pasien yang diberi infliximab setelah pembedahan. Efek sampingnya juga lebih sedikit dibandingkan dengan AZA, tanpa perbedaan yang signifikan dari kelompok plasebo. Selain pengobatan untuk mencegah kekambuhan, pasien harus secara ketat menghindari faktor risiko seperti merokok dan mengonsumsi obat-obatan seperti NSAID.