Jika diet ketogenik tidak efektif untuk pengendalian kejang dan peningkatan kognitif, diet ketogenik harus dikurangi secara bertahap dari rasio 4:1 menjadi 3:1 hingga 2:1 lemak/(protein + karbohidrat) dalam semua asupan makanan sampai ketosis menghilang. Jika efektif, diet ketogenik dapat dipertahankan selama 2-3 tahun. Pengobatan harus diperpanjang pada pasien dengan defisiensi pembawa glukosa, defisiensi dehidrogenase piruvat, dan tuberous sclerosis. Pada pasien dengan kontrol kejang yang lengkap, 80% tetap bebas kejang setelah penghentian diet ketogenik.
Pengobatan juga harus dihentikan jika efektif tetapi kondisi berikut terjadi: penghentian segera dengan adanya gangguan gastrointestinal, terutama pada pankreatitis akut; penyesuaian segera formula diet ketogenik dari 4:1-3:1-2:1 dengan adanya hipertrigliseridemia dengan nilai> 11,3 mmol / L. Jika nilainya tetap tinggi, diet ketogenik dapat dipertahankan 2-3 tahun. Jika nilainya tetap tinggi, diet ketogenik harus dihentikan; dengan adanya hipoproteinemia, suplai protein harus disesuaikan, yaitu meningkatkan asupan protein dan selanjutnya menurunkan asupan karbohidrat, sementara rasionya tetap tidak berubah; dengan adanya asidosis metabolik yang persisten, serta kardiomiopati dan penurunan fungsi kontraktil miokard, diet ketogenik harus dihentikan.