Sebagian besar tumor mesenkim ditemukan secara insidental selama gastroskopi, tetapi sebagian pasien datang ke klinik dengan perdarahan gastrointestinal. Sebagian besar tumor mesenkim gastrointestinal bersifat jinak, tetapi sebagian bisa menjadi kanker. Endoskopi ultrasonografi dapat digunakan untuk mengidentifikasi asal tumor mesenkim dan menentukan apakah tumor tersebut telah menjadi kanker. Jika terdapat risiko kanker yang tinggi, reseksi gastroskopi atau laparoskopi dapat dipertimbangkan. Jika risiko kanker rendah, hal ini juga dapat ditinjau secara teratur.