Tumor mesenkim dicirikan lebih rentan terhadap kekambuhan, yang tentu saja terkait dengan ukuran tumor primer, lokasi primer dan perawatan bedah. Umumnya tumor mesenkim bersifat ganas dan keganasannya terkait dengan ukuran tumor dan jumlah schwannoma nuklir (yang akan dijelaskan dalam laporan patologi). Tumor mesenkim di atas 5cm harus di atas risiko sedang dan tidak sensitif terhadap kemoradioterapi. Tingkat kelangsungan hidup 5 tahun secara keseluruhan untuk pasien dengan GIST terbatas yang telah menjalani perawatan bedah adalah 40-55% setelah reseksi lengkap, dan tingkat kekambuhan pada tahun kelima setelah pembedahan sangat bervariasi, mulai dari 2-15% untuk tumor primer berisiko rendah hingga 70-90% untuk kasus berisiko tinggi. Tidak ada penanda serum spesifik untuk mendeteksi kekambuhan GIST. Lokasi khas kekambuhan tumor adalah tempat tidur, hati dan peritoneum yang direseksi melalui pembedahan. Metastasis paru jarang terjadi. Oleh karena itu, praktik standarnya adalah melakukan pencitraan (CT abdominopelvic) setiap 3-6 bulan selama 5 tahun setelah pembedahan dan menilai setiap tahun setelahnya. Tinjauan pasca-operasi secara teratur dan kekambuhan terkadang dapat diangkat melalui pembedahan jika tidak menyerang organ vital. Imatinib oral (Gleevec) efektif jika keuangan memungkinkan, tetapi sangat mahal.