SLE adalah penyakit inflamasi sistemik jaringan ikat yang melibatkan banyak sistem dan organ, dan dapat melibatkan kulit, membran plasma, persendian, ginjal dan sistem saraf pusat. Etiologi dan patogenesis SLE belum jelas. Penelitian saat ini menunjukkan bahwa patogenesis SLE disebabkan oleh faktor intrinsik seperti genetika dan hormon seks, serta faktor lingkungan dan obat-obatan. Interaksi berbagai faktor, seperti kualitas genetik, faktor lingkungan dan kadar estrogen, menyebabkan penurunan limfosit T, penurunan fungsi sel penekan T dan proliferasi sel B yang berlebihan, menghasilkan produksi sejumlah besar autoantibodi yang bergabung dengan autoantigen yang sesuai di dalam tubuh untuk membentuk kompleks imun yang sesuai, yang disimpan di kulit, persendian, pembuluh darah kecil dan glomeruli, menyebabkan peradangan akut dan kronis serta nekrosis jaringan dengan partisipasi komplemen (mis. Lupus nephritis), atau interaksi langsung antibodi dengan antigen sel jaringan, menyebabkan kerusakan sel (misalnya antigen spesifik sel darah merah, limfosit, dan dinding trombosit yang berikatan dengan autoantibodi yang sesuai, menyebabkan anemia hemolitik, limfositopenia, dan trombositopenia masing-masing), yang mengakibatkan kerusakan multi-sistem pada tubuh.