Pasien dengan SLE memiliki kesuburan yang normal, tetapi mereka yang menderita SLE (terutama mereka yang memiliki antibodi anti-ACL positif) rentan terhadap keguguran, kelahiran prematur, lahir mati, dan displasia janin intrauterin setelah kehamilan, dan kejadian kehamilan abnormal lebih tinggi pada pasien dengan SLE aktif. Ada konsensus bahwa sekitar 50% pasien SLE akan mengalami eksaserbasi penyakit mereka setelah kehamilan, dan kemunduran bahkan lebih jelas pada mereka yang memiliki penyakit primer aktif, dan bahkan pada kehamilan yang stabil, 10%-30% pasien akan mengalami eksaserbasi penyakit mereka selama kehamilan atau setelah melahirkan. Efek kehamilan pada SLE mungkin terkait dengan peningkatan kadar estrogen dalam tubuh pasien selama kehamilan. Oleh karena itu, saat ini dianjurkan bahwa pasien dengan SLE aktif tidak boleh hamil, dan bahwa kehamilan dapat dipertimbangkan pada pasien yang telah diobati selama lebih dari satu tahun dan menggunakan tablet prednison oral pada 15mg|d atau kurang.