Berbagai kelainan fisik dapat terjadi selama kehamilan pada pasien SLE, tetapi sulit untuk membedakan apakah kelainan ini disebabkan oleh aktivitas lupus atau kehamilan itu sendiri. Misalnya, pasien biasanya merasa lelah dan lemah ketika lupus aktif, sedangkan wanita sehat juga dapat merasa cukup lelah pada awal kehamilan; ruam pada wajah wanita hamil mungkin terkait dengan kehamilan dan belum tentu disebabkan oleh SLE; sebagian besar pasien lupus mengalami anemia ketika aktif, sedangkan pada kehamilan normal jumlah sel darah merah cenderung menurun karena peningkatan volume sirkulasi, yang juga dikenal sebagai “anemia fisiologis”; protein kadang-kadang dapat dideteksi dalam air seni wanita dengan kehamilan normal, mungkin karena peningkatan aliran darah melalui ginjal, yang tidak berarti bahwa lupus telah melibatkan ginjal. Namun demikian, pengenalan aktivitas lupus yang tepat dan tepat waktu adalah penting bagi wanita hamil dan janin, dan para dokter sering kali menggunakan pengamatan klinis dan berbagai tes darah untuk mengikuti dan memantau pasien dengan SLE. Sebagai contoh, penurunan kadar komplemen, yang akan sangat berharga dalam menentukan aktivitas lupus, dapat dipengaruhi oleh fakta bahwa kadar komplemen mungkin meningkat pada wanita hamil, dan oleh karena itu mungkin tidak mencerminkan aktivitas penyakit. Demikian pula, sedimentasi darah wanita hamil mungkin juga meningkat karena ‘anemia fisiologis’, sehingga sedimentasi darah yang meningkat belum tentu menunjukkan aktivitas. Namun, adanya kondisi seperti proteinuria yang banyak, penurunan filtrasi ginjal, gejala neuropsikiatri, artritis parah, gagal jantung atau oedema paru, ulkus hidung atau mulut yang parah, dll., kemungkinan besar menunjukkan aktivitas lupus. Jika kondisinya sangat parah, misalnya, jika pasien memiliki patologi sistem saraf pusat yang lebih parah atau dekompensasi ginjal yang signifikan, dan jika hal ini terjadi sebelum usia kehamilan 12 minggu, penghentian kehamilan harus dipertimbangkan, diikuti dengan pengobatan syok dengan siklofosfamid pada beberapa pasien. Jika kondisi ini terjadi pada trimester kedua, penghentian kehamilan juga harus dipertimbangkan dan terapi kejut siklofosfamid diberikan. Namun, jika beberapa wanita hamil dengan SLE yang hadir dengan aktivitas penyakit yang parah bersikeras untuk melanjutkan kehamilan karena faktor pribadi atau keluarga, hal ini harus dipertimbangkan secara individual, karena mempertahankan janin mengancam jiwa ibu, sedangkan untuk janin, seorang wanita hamil dengan SLE yang mengembangkan nefritis lupus parah sebelum usia kehamilan 20 minggu biasanya tidak dapat dipertahankan dan sebagian besar akan keguguran, sedangkan Setelah minggu ke-26 kehamilan terlewati, masih ada harapan bahwa janin akan bertahan hidup. Untuk alasan ini, dokter perlu memperlakukan pasien yang bersikeras untuk mengawetkan janin secara berbeda, tergantung pada situasinya. Sebagai aturan umum, dokter mencoba untuk menjaga janin dalam rahim ibu setidaknya selama 30 minggu, ketika kemungkinan melahirkan bayi yang sehat adalah sekitar 80%. Jika, pada akhir kehamilan, ibu mengalami pre-eklampsia, yang secara klinis dimanifestasikan oleh hipertensi dan proteinuria yang meningkat secara nyata dengan bukti gangguan fungsi hati, tindakan persalinan yang cepat dan efektif, seperti operasi caesar, diperlukan untuk keselamatan ibu. Kesimpulannya, kehamilan dapat memicu SLE, atau memperburuk penyakit, atau menyebabkan kekambuhan penyakit. Karena plasenta menghasilkan enzim 11-beta-dehidrogenase yang mengoksidasi prednison dalam sirkulasi ibu ke bentuk 11-keton yang tidak aktif, maka dosis prednison ibu tidak berpengaruh pada janin dan dosis prednison dapat ditingkatkan sesuai dengan kebutuhan kondisi selama kehamilan. Dexamethasone, imunosupresan, radiciciclopirox dan NSAID memiliki beberapa efek samping pada janin dan harus dihindari.