Hipotiroidisme umumnya mengacu pada fungsi tiroid yang rendah, yang secara klinis dikenal sebagai hipotiroidisme atau hipotiroidisme, dan merupakan kondisi yang relatif umum pada tahap ini. Penyebab hipotiroidisme sangat banyak, termasuk penyakit tiroid, faktor bawaan, pembedahan, pengobatan, kekurangan yodium dan banyak lagi. Banyak penyebab umum hipotiroidisme tertunda adalah tiroiditis limfositik kronis, tiroiditis Hashimoto dan, pada tingkat yang lebih rendah, tiroiditis subakut. Jika tidak diobati, tiroiditis Hashimoto dapat menyebabkan lesi organik pada kelenjar tiroid, yang mengakibatkan penurunan produksi hormon tiroid dan peningkatan produksi hormon perangsang tiroid, yang dapat menyebabkan hipotiroidisme. Tiroiditis subakut juga dapat menyebabkan hipotiroidisme karena pengobatan yang tidak memadai. Pada sebagian kecil pasien, hipotiroidisme disebabkan oleh cacat bawaan dalam sintesis hormon tiroid atau jaringan tiroid yang belum berkembang, yang dapat terjadi pada bayi baru lahir atau selama masa remaja. Beberapa pasien juga menderita akibat pengangkatan jaringan tiroid yang berlebihan selama pembedahan untuk mengobati hipertiroidisme, atau akibat dosis yodium 131 yang berlebihan atau obat tiroid. Hal ini juga dapat disebabkan oleh defisiensi yodium yang parah, hipopituitarisme sekunder, dan lesi hipotalamus, sehingga pasien dengan hipotiroidisme perlu diperiksa secara sistematis untuk mengidentifikasi penyebabnya dan kemudian diobati.