Hipotiroidisme dapat terjadi tidak hanya dengan pengobatan yodium-131 untuk hipertiroidisme, tetapi juga dengan pengobatan lain (misalnya, obat-obatan medis, pembedahan). Bahkan jika sejumlah besar pasien dengan hipertiroidisme tidak diobati, hipotiroidisme dapat terjadi di masa depan. Beberapa ahli percaya bahwa munculnya hipotiroidisme merupakan tanda kesembuhan hipertiroidisme, dan tidak ada cara yang efektif untuk mencegah terjadinya hipotiroidisme. Untungnya, dibandingkan dengan hipertiroidisme, hipotiroidisme sangat mudah diobati. Biasanya dikoreksi dengan mengonsumsi tiroksin. Pengobatan ini melibatkan suplementasi tiroksin buatan, yang menghasilkan kembalinya kadar hormon tiroid yang normal dalam darah dengan cepat. Dosis biasanya disesuaikan secara dinamis sesuai dengan hasil tes darah untuk kadar hormon tiroid dan TSH, dan beberapa pasien perlu meminumnya selama sisa hidup mereka karena fungsi tiroid mereka tidak kembali normal. Dosis yang wajar biasanya tidak menimbulkan efek samping toksik.