Nama sebenarnya dari megakolon kongenital adalah anaplasia usus, kelainan bawaan perkembangan saluran pencernaan akibat kurangnya sel ganglion di bagian distal bawah saluran pencernaan dan kelenturan dan penyempitan usus yang sakit, yang mencegah lewatnya feses dan menyebabkan dilatasi dan hipertrofi usus proksimal. Perubahan patologis utama pada megakolon kongenital adalah kurangnya sel ganglion di bagian distal usus. Penyebab kelainan ini multifaktorial dan mungkin disebabkan oleh gangguan perkembangan sel ganglion usus pada awal kehamilan akibat infeksi virus atau faktor lingkungan lainnya seperti gangguan metabolisme dan keracunan. Penyebab utama yang diidentifikasi dan dipelajari sejauh ini adalah perubahan lingkungan mikro pada tahap embrio awal dan perubahan dalam berbagai faktor genetik yang mempengaruhi perkembangan saraf enterik. Insiden megakolon kongenital familial sekitar 5-20% dan tidak jarang terjadi pada populasi Tionghoa, sehingga bayi yang lahir dengan megakolon kongenital pada trimester pertama belum tentu akan berkembang pada trimester kedua. Anak-anak yang lahir dengan megakolon kongenital juga cenderung mengembangkan megakolon. Selama anak-anak dengan megakolon kongenital didiagnosis dan diobati sejak dini, mereka umumnya tidak mengalami gangguan penyerapan nutrisi dan pertumbuhan, dan bahkan jika pertumbuhan mereka terpengaruh sejak dini, sebagian besar anak masih bisa mengejar ketinggalan dengan pengobatan yang tepat dan agresif di kemudian hari. Namun demikian, bagi anak-anak yang memiliki kasus megakolon yang sangat parah, seperti megakolon kolon total atau usus total, jumlah saluran usus yang sakit terlalu besar dan jumlah saluran usus yang diawetkan terlalu kecil, yang dapat memengaruhi pertumbuhan dan perkembangan sampai batas tertentu. Meskipun diagnosis dan pengobatan megakolon kongenital telah meningkat pesat dalam beberapa tahun terakhir ini, namun masih ada tingkat kematian tertentu. Penyebab utama kematian adalah kolitis usus kecil yang parah yang diperumit oleh megakolon, dengan krisis megakolon, infeksi sistemik dan toksisitas; atau jenis megakolon yang parah yang menyebabkan gangguan metabolisme sistemik atau kematian wasting kronis; dan beberapa anak meninggal karena infeksi perioperatif yang parah, dehiscence anastomotik dan perdarahan.