Kolonoskopi biasanya diindikasikan pada kasus-kasus berikut ini:
1, perubahan kebiasaan buang air besar, bergantian dengan diare dan sembelit.
2, tinja berdarah, darah merah gelap.
3, tinja berlendir dan bernanah.
4. diare.
5, perubahan bentuk tinja, misalnya menipis, dll.
6, distensi perut paroksismal, kolik, dll.