Hipotiroidisme atau kurang berkembangnya kelenjar tiroid: penyebab paling umum, sekitar 90% hipotiroidisme kongenital disebabkan oleh gangguan perkembangan kelenjar tiroid, dua kali lebih sering terjadi pada anak perempuan dibandingkan anak laki-laki, dan pada 1/3 kasus, kelenjar tiroid sama sekali tidak ada. Kelenjar tiroid mungkin kurang berkembang selama tahap intrauterin atau mungkin menjadi ektopik saat bermigrasi ke bawah ke lokasi antara subungual dan posisi normal kelenjar tiroid, yang pada manusia normal terletak di tulang rawan tiroid serviks anterior inferior. Pada sebagian besar kasus, kelenjar tiroid kehilangan sebagian atau seluruh fungsi sekresinya dan sebagian besar anak terlahir dengan kekurangan hormon tiroid, meskipun hanya sedikit yang dapat mengalami gejala kekurangan hingga beberapa tahun setelah lahir. Penyebab insufisiensi tiroid ini belum diketahui dan mungkin terkait dengan kualitas genetik dan mekanisme yang diperantarai oleh kekebalan tubuh. 2. Cacat pada jalur sintesis tiroksin: Penyebab paling umum kedua dari hipotiroidisme kongenital. Cacat ini dapat terjadi pada salah satu proses sintesis hormon tiroid dan sebagian besar merupakan kelainan resesif autosomal. 3. Kekurangan hormon tirotropik: Hipotiroidisme yang disebabkan oleh gangguan sekresi hormon tirotropik oleh kelenjar hipofisis umumnya dikaitkan dengan hipopituitarisme idiopatik atau cacat perkembangan hipotalamus dan hipofisis, dengan kekurangan hormon pelepas hormon tirotropik sebagai penyebab yang paling sering terjadi. 4. Hipotiroidisme endemik defisiensi yodium: Hal ini disebabkan oleh kekurangan yodium dalam makanan wanita hamil, yang mengakibatkan hipotiroidisme pada janin selama periode embrio karena kekurangan yodium. 5. Hipotiroidisme sementara pada bayi baru lahir: Hal ini disebabkan oleh masuknya antibodi penghambat reseptor tirotropin dari ibu ke dalam janin melalui plasenta.