Bayi normal dengan amniosentesis masih memiliki kemungkinan mengalami mutasi genetik.
Waktu terbaik untuk melakukan amniosentesis adalah antara minggu ke-16 dan ke-21 untuk menganalisis jumlah kromosom dan apakah ada kelainan struktural. Ini adalah metode yang paling sering digunakan untuk kariotipe janin, tetapi hanya menjamin bahwa janin dalam keadaan sehat selama periode sebelum tes, dan saat janin tumbuh, masih ada kemungkinan mutasi genetik, meskipun kemungkinannya relatif kecil.
Secara umum, waktu yang paling mungkin untuk terjadinya mutasi genetik pada janin adalah sebelum 12 minggu, tetapi bukan berarti tidak akan terjadi mutasi genetik setelah itu, seperti kasus di mana janin ditemukan memiliki volume cairan ketuban yang normal pada usia 21 minggu, tetapi ditemukan adanya mutasi genetik dan perkembangan tulang yang tidak normal pada usia 31 minggu.
Oleh karena itu, tidak sepenuhnya jelas bahwa bayi yang lahir dengan amniosentesis normal tidak akan mengalami mutasi genetik.