Penyakit hati autoimun termasuk hepatitis autoimun, kolangitis bilier primer dan kolangitis sklerosis primer, yang semuanya memiliki fitur serologis yang berbeda dan pada dasarnya hadir dengan fungsi hati yang abnormal, terutama dalam bentuk ghrelin, ghrelin, glutamyl transpeptidase dan alkaline phosphatase yang meningkat. Hepatitis autoimun juga muncul dengan kelainan imunoglobulin, dengan peningkatan globulin dan peningkatan IgG. Ketiga penyakit ini berhubungan dengan antibodi hepatitis autoimun seperti anti-gp210, anti-Sp100, antibodi anti mitokondria, antibodi anti-nuklir, dan antibodi anti otot polos yang positif. Hepatitis autoimun juga cenderung dipersulit oleh antibodi anti-dsDNA dan anti-CENP yang positif. Pada kolangitis autoimun khususnya, antibodi anti-mitokondria tipe M2 yang positif merupakan penanda diagnostik yang lebih spesifik, meskipun ada kalanya indikatornya tidak begitu khas. Jika penyakit hati autoimun dicurigai, biopsi hati juga dapat dilakukan untuk mengetahui tanda-tanda karakteristik seperti infiltrasi limfositik, hepatitis antarmuka dan kerusakan saluran empedu.