Pada awal perjalanan penyakit, gejala klinis penyakit hati autoimun tidak jelas dan diagnosis didasarkan pada kombinasi fitur biokimia, imunologi, pencitraan dan histopatologi. Karena penyakit hati autoimun mencakup hepatitis autoimun (AIH), sirosis bilier primer (PBC) dan kolangitis sklerosis primer (PSC). Oleh karena itu, kami menjelaskan masing-masing secara bergantian di bawah ini. 1. Diagnosis sirosis bilier primer (PBC) PBC adalah kolangitis granulomatosa non-supuratif kronis yang mempengaruhi terutama saluran empedu intrahepatik berukuran sedang, terutama saluran empedu interlobular intrahepatik, dengan prevalensi >400/100.000 dan predisposisi wanita (lebih dari 90%). Sebagian besar pasien berkembang menjadi sirosis dalam waktu 10-30 tahun dan sering kali didiagnosis hanya pada stadium lanjut penyakit. Asam ursodeoxycholic (UDCA) dapat mengurangi kerusakan hati yang disebabkan oleh kolestasis dan memperlambat perkembangan penyakit. Diagnosis “pasti” PBC dibuat ketika adanya perubahan fungsi hati kolestatik, titer antibodi anti-mitokondria (AMA) > 1:40 dan fitur histopatologis yang sesuai hadir, sementara kehadiran salah satu dari dua hal ini adalah Diagnosis “kemungkinan”. Tidak jelas apakah titer AMA yang tinggi saja sudah cukup untuk mendiagnosis PBC. 2. Diagnosis hepatitis autoimun (AIH) Prevalensi AIH adalah sekitar 170 per 100.000, terutama pada wanita muda, dan sering kali mengakibatkan manifestasi hepatitis parah yang dapat berkembang pesat menjadi sirosis. Kadar transaminase serum yang meningkat, hepatitis interfasial dengan atau tanpa hepatitis lobular atau nekrosis penghubung di daerah komisura sentral dan adanya autoantibodi adalah faktor diagnostik utama. Namun demikian, hal ini tidak cukup untuk menyingkirkan penyebab patologi hati lainnya, seperti hepatitis yang diinduksi obat dan infeksi virus, karena penyakit ini juga dapat menghasilkan autoantibodi yang sesuai. Oleh karena itu, kondisi-kondisi ini perlu disingkirkan untuk diagnosis AIH definitif. 3. Diagnosis primary sclerosing cholangitis (PSC) PSC adalah penyakit hati kolestatik progresif dengan prevalensi sekitar 130 per 100.000. Tidak seperti AIH dan PBC, PSC terutama menyerang pria dan dikaitkan dengan penyakit radang usus pada 70% (40-98%) pasien. PSC adalah penyakit progresif yang menyebabkan kerusakan saluran tebal intra dan ekstrahepatik, menyebabkan kolestasis, fibrosis hati dan sirosis. Risiko kanker saluran empedu meningkat pada semua stadium penyakit. Tidak ada pengobatan yang efektif, tetapi asam ursodeoxycholic dosis tinggi telah terbukti memperlambat perkembangan penyakit pada beberapa pasien. diagnosis PSC sangat bergantung pada perubahan pencitraan saluran empedu yang unik, yang menunjukkan keterlibatan saluran empedu intra dan ekstra-hepatik. Namun demikian, pencitraan tidak dapat membedakan antara kolangitis sklerosis primer dan sekunder. Selain itu, hanya saluran empedu intrahepatik kecil yang terpengaruh pada 5% kasus PSC.