Lebih jarang, pasien dengan SLE dapat mengalami komplikasi intraokular yang serius. Endapan kompleks imun terlihat pada kapiler koroid, membran basal badan siliaris, dan konjungtiva bulbar. Retinopati penyakit ini mungkin disebabkan oleh dua mekanisme terpisah: emboli vaskular yang disebabkan oleh antibodi antifosfolipid, yang dapat diobati secara efektif dengan antikoagulan, dan vaskulitis yang dimediasi kekebalan tubuh, yang paling efektif diobati dengan metode imunosupresif. Penyakit ini bisa menyerang arteri kecil dan vena kecil. Penyakit emboli pada SLE ini ditandai dengan bintik-bintik seperti kapas dengan atau tanpa perdarahan intraokular. Jabs dan rekannya melaporkan 11 pasien dengan vaskulitis retina. Sebagian besar pasien (55%) memiliki hasil visual yang buruk (ketajaman visual 20/200 atau kurang) dan insiden penyakit SSP yang tinggi (73%). Lesi penyumbatan pembuluh darah seperti blok vena retina sentral mungkin ada, dan neovaskularisasi sering terlihat pada kasus penyumbatan arteri kecil yang luas serta lesi iskemik sekunder.