Megakolon sekunder pada anak-anak sering kali disebabkan oleh penanganan malformasi anorektal yang tidak memadai atau konstipasi setelah pembedahan malformasi anorektal. Hal ini juga bisa menjadi sekunder akibat konstipasi yang disebabkan oleh trauma perineum, kompresi tumor perineum, dll. Setelah faktor utama dihilangkan, sembelit dapat diperbaiki. Setelah faktor primer dihilangkan, kesulitan buang air besar dapat diperbaiki, dan dengan pengobatan konservatif, beberapa megakolon secara bertahap dapat dihilangkan. Pada anak-anak dengan megakolon sekunder, biasanya terdapat riwayat malformasi rektal-anal yang jelas dan pembedahan perineum. Sebagian besar dari mereka memiliki berbagai tingkat stenosis anal dan jaringan parut perineum. Fitur-fitur ini mudah dibedakan dari megakolon kongenital dan idiopatik. Malformasi rekto-anal menyebabkan dilatasi rektum distal. Segmen usus yang melebar dengan fungsi peristaltik yang buruk ini cukup untuk menyebabkan konstipasi.