Dalam beberapa tahun terakhir, dengan perbaikan bertahap dalam diagnosis dan pengobatan, prognosis untuk SLE telah meningkat secara signifikan, dengan kelangsungan hidup pasien meningkat dari tingkat kelangsungan hidup empat tahun sebesar 50% pada tahun 1950-an menjadi tingkat kelangsungan hidup 15 tahun sebesar 80% saat ini, dan tingkat kelangsungan hidup 10 tahun lebih dari 90%.
Meskipun kelangsungan hidup jangka panjang dicapai pada banyak pasien, SLE dapat mempengaruhi harapan hidup pasien dalam berbagai tingkat karena SLE dapat menyebabkan kerusakan parah pada beberapa organ, terutama sistem saraf, ginjal, menyebabkan hipertensi pulmonal dan aterosklerosis.