Penggunaan pembedahan laparoskopi pada IBD telah banyak dipertanyakan karena pasien IBD biasanya memiliki dinding usus dan mesenterium yang menebal dan rapuh, sering dengan kantong inflamasi, fistula dan abses, selain faktor risiko seperti malnutrisi, penggunaan hormon dan perlengketan dari pembedahan sebelumnya. Namun demikian, pada pasien dengan IBD, pembedahan laparoskopi memiliki banyak keuntungan teoretis dibandingkan pembedahan terbuka konvensional: 1. Pasien biasanya lebih muda dan lebih aktif secara sosial, dan penting bagi mereka untuk dapat kembali ke kehidupan normal dan estetika sayatan bedah sesegera mungkin; 2. Perlekatan yang relatif sedikit dihasilkan dari laparoskopi, sehingga mengurangi kesulitan untuk melakukan operasi ulang; 3. Pengurangan perlekatan panggul dapat mengurangi insiden infertilitas pascaoperasi pada wanita usia subur; 4. Mengurangi risiko terjadinya infertilitas pascaoperasi. Keuntungan jangka pendek dari pembedahan laparoskopi yang diamati di area seperti keganasan dan divertikulitis juga dapat dilihat pada pasien dengan IBD; 5. Pembedahan laparoskopi dapat mengurangi risiko obstruksi usus kecil serta komplikasi jangka panjang seperti hernia insisional. Meta-analisis sebelumnya dan studi terkontrol secara acak telah menemukan bahwa reseksi ileum laparoskopi pada pasien dengan penyakit Crohn’s (CD) aman dan tidak meningkatkan komplikasi pasca operasi, melainkan mengurangi obstruksi usus pasca operasi dan memperpendek lama rawat inap di rumah sakit. Demikian pula, manfaat laparoskopi telah ditunjukkan dalam kolektomi subtotal untuk kolitis ulserativa (UC) dan dalam pembedahan IPAA. Sebuah penelitian terbaru dari Perancis, yang melibatkan 633 pasien dengan IBD selama periode 14 tahun, menemukan bahwa tingkat konversi ke bedah terbuka dan tingkat komplikasi serius pasca operasi menurun secara signifikan dengan meningkatnya pengalaman bedah laparoskopi, seperti yang diterbitkan dalam jurnal bedah terkemuka Annals of Surgery. Sebanyak 790 prosedur dilakukan, di mana 574 (73%) di antaranya laparoskopi, termasuk 286 (48%) reseksi ileocecal, 118 (19%) kolektomi subtotal, 134 (21%) prosedur IPAA, 23 (8%) kolektomi parsial, dan 18 (4%) reseksi abdominoperineal gabungan. Dari jumlah ini, 145 (25%) adalah operasi laparoskopi kompleks, termasuk 66 operasi abdomen berulang dan 93 pasien dengan abses abdomen dan fistula. Tingkat konversi ke laparotomi terbuka adalah 12% (67 kasus), ada satu kematian pasca operasi (0,2%) dan 66 kasus (13%) mengalami komplikasi serius. Perbandingan kronologis dari lima fase menunjukkan bahwa proporsi prosedur laparoskopi meningkat dari 42% pada awal penelitian menjadi 80% pada akhir penelitian; ada juga peningkatan yang signifikan dalam proporsi prosedur laparoskopi yang kompleks dan penurunan yang signifikan dalam proporsi prosedur terbuka dan komplikasi pasca operasi yang serius. Oleh karena itu, para penulis penelitian ini percaya bahwa bedah laparoskopi diharapkan menjadi ‘standar emas’ untuk bedah IBD di masa depan.