Reaksi yang merugikan terhadap imunoterapi adalah unik dibandingkan dengan perawatan lain karena dapat terjadi pada jaringan atau organ tubuh apa pun, sebagian besar dalam waktu 4 minggu sejak dimulainya pengobatan, tetapi juga dapat terjadi kapan saja setelah dimulainya pengobatan, termasuk setelah pengobatan dihentikan.
Berdasarkan waktu rata-rata timbulnya reaksi yang merugikan, ini dapat secara luas dibagi menjadi toksisitas awal (dalam waktu 2 bulan setelah inisiasi pengobatan) dan toksisitas tertunda (lebih dari 2 bulan). Yang pertama termasuk toksisitas kulit (misalnya ruam, pruritus, vitiligo), toksisitas gastrointestinal (misalnya diare, radang usus besar) dan toksisitas hati (misalnya hepatitis); yang terakhir termasuk pneumonia, toksisitas endokrin (misalnya hipertiroidisme dan hipotiroidisme) dan neurotoksisitas (misalnya ensefalitis).
Dari semua ini, ruam dan diare lebih umum terjadi, terjadi pada lebih dari 10% pasien, sementara reaksi merugikan seperti ensefalitis dan pneumonia lebih jarang terjadi, terjadi tidak lebih dari 3% pasien.