Penguraian kode genom manusia tidak cukup untuk pemahaman yang komprehensif tentang fungsi biologis tubuh manusia, tetapi harus memperhitungkan dampak mikroorganisme yang terakumulasi pada permukaan manusia dan di dalam tubuh manusia dan hidup dalam simbiosis jangka panjang dengan manusia. Peran mikroba usus dalam perkembangan penyakit manusia semakin mendapat perhatian, dan masih belum jelas apakah perubahan dalam mikroekologi usus merupakan faktor awal penyakit atau apakah perubahan tersebut terjadi setelah onset penyakit. Kolitis ulseratif (UC) adalah penyakit peradangan kronis dan non-spesifik pada mukosa rektum dan usus besar yang etiologinya tidak diketahui. Penyakit ini biasanya kambuh dan menetap, dan masih belum ada pengobatan klinis spesifik yang tersedia. Studi terbaru menunjukkan bahwa kombinasi mikroorganisme usus dan metabolitnya, kerentanan genetik inang dan ketidakseimbangan dalam respon imun alami atau yang didapat dari mukosa usus inang terlibat dalam patogenesis IBD. Sejumlah penelitian telah menunjukkan perbedaan spesies mikroba usus dan kelimpahan antara pasien UC dan individu yang sehat, dengan penurunan yang signifikan dalam keanekaragaman mikroba usus pada pasien UC dibandingkan dengan populasi yang sehat. Komposisi dan kelimpahan mikroorganisme usus dalam populasi manusia telah diubah, dan berikut ini adalah temuan yang paling konsisten: 1. tingkat flora dominan dalam usus telah berkurang secara signifikan; 2. keragaman dan stabilitas keseluruhan mikroorganisme usus secara umum telah berkurang; 3. tingkat spesies probiotik seperti Lactobacillus dan Bifidobacterium telah berkurang; 4. mikroorganisme yang terkait dengan mukosa memiliki efek yang lebih langsung pada inang manusia, sedangkan mikroorganisme sampel tinja menentukan produk metabolik mikroorganisme usus; dan 5. mikroorganisme yang berhubungan dengan mukosa memiliki efek yang lebih langsung pada inang manusia. produk, tanpa perbedaan signifikan dalam komposisi dan jumlah mikroba di antara keduanya.