Penguraian kode genom manusia tidak cukup untuk pemahaman yang komprehensif tentang fungsi biologis tubuh manusia, tetapi harus memperhitungkan dampak mikroorganisme yang terakumulasi pada permukaan manusia dan di dalam tubuh manusia dan hidup dalam simbiosis jangka panjang dengan manusia. Peran mikroba usus dalam perkembangan penyakit manusia semakin mendapat perhatian, dan masih belum jelas apakah perubahan dalam mikroekologi usus merupakan faktor awal penyakit atau apakah perubahan tersebut terjadi setelah onset penyakit. Kolitis ulseratif (UC) adalah penyakit peradangan kronis dan non-spesifik pada mukosa rektum dan usus besar yang etiologinya tidak diketahui. Penyakit ini biasanya kambuh dan menetap, dan masih belum ada pengobatan klinis spesifik yang tersedia. Studi terbaru menunjukkan bahwa kombinasi mikroorganisme usus dan metabolitnya, kerentanan genetik inang dan ketidakseimbangan dalam respon imun alami atau yang didapat dari mukosa usus inang terlibat dalam patogenesis IBD. Sejumlah penelitian telah menunjukkan perbedaan spesies mikroba usus dan kelimpahan antara pasien UC dan individu yang sehat, dengan penurunan yang signifikan dalam keanekaragaman mikroba usus pada pasien UC dibandingkan dengan populasi yang sehat. Komposisi dan kelimpahan mikroorganisme usus pada populasi manusia telah diubah, dan berikut ini adalah temuan yang paling konsisten: 1) penurunan yang signifikan dalam kandungan flora dominan dalam usus; 2) penurunan umum dalam keragaman dan stabilitas keseluruhan mikroorganisme usus; 3) penurunan kandungan spesies probiotik seperti Lactobacillus dan Bifidobacterium; 4) peran yang lebih langsung dari mikroorganisme terkait mukosa pada inang manusia, sementara mikroorganisme dalam sampel feses menentukan produk metabolisme mikroorganisme usus; dan 5) penurunan yang signifikan dalam jumlah mikroorganisme dalam usus. produk, tanpa perbedaan signifikan dalam komposisi dan jumlah mikroba di antara keduanya.