Sistografi ultrasonografi B-mode yang umum digunakan, SPECT (single proton selected computed tomography) dan, yang lebih baru, CT spiral yang diikuti dengan rekonstruksi tiga dimensi dan simulasi endoskopi (virtural intra lumina lendoscopy (VIE) dan magnetic resonance cholangio-pancreatography (MRCP), semuanya dapat memberikan diagnosis yang lebih pasti untuk kista saluran empedu bawaan. Diagnosis kista saluran empedu kongenital dapat dilakukan dengan bantuan Magnetic Resonance Cholangio-Pankreatografi (MRCP). Diagnosis tidak sulit bila dikombinasikan dengan presentasi klinis nyeri perut, massa dan penyakit kuning.