Pengobatan rhabdomyosarcoma memerlukan kombinasi perawatan, termasuk pembedahan, radioterapi dan kemoterapi. Pembedahan biasanya merupakan pilihan pertama dan biasanya dilakukan dengan eksisi lokal yang ekstensif, mengangkat tumor dan sebagian jaringan di sekitarnya, termasuk kelenjar getah bening. Semakin sedikit tumor yang tersisa setelah pembedahan, semakin baik prognosisnya dan semakin kecil kemungkinan kekambuhan, yang biasanya terjadi dalam waktu 3 tahun setelah pengobatan. Dalam studi klinis oleh American Rhabdomyosarcoma Study Group, tingkat kelangsungan hidup 5 tahun untuk pasien yang dioperasi dengan pengangkatan tumor secara tuntas bisa melebihi 90%. Tingkat kelangsungan hidup 5 tahun untuk pasien dengan pengangkatan tumor secara tuntas yang terlihat dengan mata telanjang pada pembedahan, tetapi dengan residu mikroskopis, adalah sekitar 80%. Pasien dengan sisa tumor yang terlihat dengan mata telanjang setelah pembedahan tetapi tanpa metastasis memiliki tingkat kelangsungan hidup 5 tahun sekitar 70%. Untuk rhabdomyosarcoma di lokasi anatomi tertentu, seperti rhabdomyosarcoma kepala dan leher, di mana reseksi bedah yang lengkap kecil kemungkinannya atau di mana pembedahan menyebabkan gangguan fungsi organ yang parah, radioterapi biasanya diberikan untuk mengurangi volume sebelum pembedahan sekunder dilakukan. Namun, risiko sisa operasi sekunder masih tinggi, jadi ada risiko kekambuhan setelah operasi untuk rhabdomyosarcoma ganas, bukan berarti tidak akan kambuh setelah operasi.