Ada dua isu penting mengenai vaksinasi pada anak dengan KD: pertama, IVIG menghalangi replikasi vaksin virus hidup dan pembentukan kekebalan yang didapat, sehingga vaksinasi harus ditunda hingga setidaknya 3 bulan setelah pemberian IVIG; dan kedua, ada pertanyaan mengenai keamanan vaksin hidup atau vaksin lain pada anak yang baru sembuh dari KD. Beberapa penyakit autoimun, termasuk vaskulitis sistemik, dapat memburuk secara tiba-tiba setelah pemberian vaksin hidup atau vaksin mati, sehingga semua vaksinasi harus ditunda setidaknya selama 3 bulan setelah KD. AHA merekomendasikan agar vaksinasi terhadap virus hidup dan non-infeksius (campak, gondong, dan rubella) ditunda setidaknya selama 5 bulan setelah IVIG karena antibodi kekebalan pasif dapat mengganggu fungsi imunologis sediaan imunologis. Namun, selama wabah campak, vaksin campak harus digunakan lebih awal dan dengan hati-hati pada anak-anak yang belum pernah diimunisasi dengan imunisasi pasif, dan vaksin tersebut harus diulang di kemudian hari. Vaksinasi lain tidak boleh terputus selama masa kanak-kanak, dan vaksinasi influenza direkomendasikan untuk mengurangi kejadian sindrom Reye pada anak-anak dengan ASA yang berkepanjangan.