Kistektomi koledokus dapat menghentikan refluks cairan usus dan pankreas serta mencegah kista menjadi kanker. Prosedur yang masuk akal untuk menyembuhkan kista adalah dengan kistektomi. Kistektomi dahulu dianggap sebagai prosedur yang sulit dan berbahaya, dan para operator sering mengabaikan kistektomi dan secara sembrono melakukan drainase internal karena ukuran kista yang besar, sulitnya menangani bagian bawah, atau karena riwayat operasi empedu yang berulang kali dan perlengketan inflamasi lokal yang parah. Pra-operasi ERCP atau MRI, jika perlu dilakukan sistografi intraoperatif dan pengukuran amilase (AMS) cairan kista untuk menentukan adanya kista saluran empedu intrahepatik, pertemuan saluran biliopankreas bagian bawah, dan adanya refluks cairan pankreas. 2. Ketika mengupas saluran empedu, pembuluh darah harus dihindari, dimulai dari area yang lebih mudah terlebih dahulu dan benar-benar memisahkan ke sekitar vena porta, di mana jaringan relatif longgar dan hubungan anatomisnya jelas, biasanya tanpa cedera yang tidak disengaja pada pembuluh darah. Kista dikupas dan ditranseksi, kemudian seperti halnya pengupasan kantung hernia, kista dibedah bebas ke arah bagian hilar dan distal hati, dengan membuang dinding kista sebersih mungkin untuk mencegah kanker. Reseksi intrakapsular, yaitu jika kista sulit dikupas, untuk mencegah kerusakan pada vena porta dan arteri hepatika, hanya lapisan dalam yang dapat dikupas selama reseksi dinding posterior; garam juga dapat disuntikkan terlebih dahulu di antara lapisan dalam dan luar agar pengelupasan menjadi lebih nyaman. 3. Pengobatan stenosis distal: untuk stenosis yang panjang, transeksi stenosis sudah cukup. Jika stenosisnya pendek, dapat merusak saluran pankreas, sehingga kista dapat dibedah terlebih dahulu dan probe dapat dimasukkan untuk membantu orientasi. Setelah pengangkatan kista, cairan biliopankreas telah dialihkan dan penyebab iritasi kronis pada saluran empedu sudah tidak ada lagi, sehingga kemungkinan keganasan pada dinding kista yang tersisa dapat sangat dikurangi.