Pepsinogen adalah prekursor untuk sintesis pepsin, yang umumnya terbentuk setelah aksi asam lambung, atau pepsin lain yang sudah terbentuk dan aktif, di dalam lumen lambung, dan kemudian pepsin aktif baru terbentuk. Pepsinogen dibagi menjadi pepsinogen I dan pepsinogen II, yang mana pepsinogen II, lebih banyak dikaitkan dengan lesi mukosa fundus lambung. Pepsinogen I, di sisi lain, lebih terkait dengan lesi pada mukosa sinus lambung. Nilai abnormal dan perubahan rasio keduanya mengindikasikan lesi pada lambung, tetapi belum tentu kanker lambung, karena banyak lesi jinak juga dapat menunjukkan rasio abnormal. Pepsinogen I yang meningkat dikaitkan dengan atrofi patologis kelenjar fundus, metaplasia epitel usus atau metaplasia kelenjar pilorus, atau bahkan hiperplasia atipikal. Penurunan progresif dalam rasio pepsin I terhadap pepsin II dikaitkan dengan perkembangan atrofi mukosa lambung dan oleh karena itu memerlukan gastroskopi dan tes H. pylori.