Dengan peningkatan pesat dalam teknik dan peralatan untuk bedah jantung, teknik sirkulasi ekstrakorporeal, teknik anestesi dan pemantauan pasca-operasi, tingkat keberhasilan bedah perbaikan cacat septum ventrikel juga meningkat secara signifikan. Tingkat keberhasilan bedah perbaikan cacat septum ventrikel sekarang lebih dari 99% di banyak pusat medis di Tiongkok. Secara umum, hasil operasi perbaikan cacat septum ventrikel adalah baik dan dapat dibandingkan dengan anak-anak normal. Namun demikian, ada beberapa risiko yang terkait dengan pembedahan perbaikan cacat septum ventrikel, dan beberapa komplikasi dapat terjadi, bahkan yang mengancam jiwa. Karena anak-anak dengan cacat septum ventrikel memiliki berbagai tingkat penurunan fungsi jantung dibandingkan dengan anak-anak normal, pembedahan itu sendiri bisa menjadi traumatis bagi jantung, dan sirkulasi ekstrakorporeal dan prosedur anestesi umum juga dapat berdampak pada fungsi jantung, sehingga pemulihan fungsi jantung setelah perbaikan cacat septum ventrikel merupakan masalah utama untuk keberhasilan pembedahan. Sangat penting bahwa obat jantung digunakan dalam jumlah yang tepat untuk membantu jantung pulih sesegera mungkin, tetapi jika jantung tidak pulih atau bahkan gagal setelah lebih banyak obat jantung digunakan, hal ini bisa mengancam jiwa. Trauma bedah juga dapat menyebabkan komplikasi seperti aritmia jantung. Khususnya, blok AV lengkap dapat berdampak besar pada fungsi jantung dan, jika tidak dipulihkan, alat pacu jantung mungkin diperlukan. Selain itu, sirkulasi ekstrakorporeal dan proses anestesi umum juga dapat memiliki beberapa efek merugikan pada fungsi pernapasan. Setelah operasi, anak-anak rentan terhadap komplikasi paru seperti pneumonia, atelektasis, pneumotoraks dan efusi pleura, yang dapat menyebabkan kegagalan pernapasan dan ketergantungan ventilator pada kasus yang parah. Selain itu, karena operasi perbaikan melibatkan serangkaian proses seperti pembedahan, anestesi, sirkulasi ekstrakorporeal, pemantauan dan perawatan pasca-operasi, terdapat risiko endokarditis dan sepsis pada anak-anak dengan daya tahan tubuh yang rendah. Komplikasi neurologis juga merupakan komplikasi yang mungkin terjadi setelah pembedahan perbaikan cacat septum, dengan anak-anak yang mengalami koma, kejang-kejang, gerakan anggota tubuh yang abnormal, kehilangan kesadaran atau penglihatan, atau bahkan ‘keadaan vegetatif’. Singkatnya, orang tua harus siap sebelum anak mereka menjalani pembedahan untuk memperbaiki cacat septum ventrikel.