Untuk pembedahan kraniofaringioma, penanganan yang lebih disukai adalah reseksi total tumor jika pasien secara umum dalam kondisi baik. Jika tumor melekat erat pada arteri karotis interna, saraf optik dan jaringan di sekitarnya, atau jika tumor menyusup ke dalam hipotalamus, meskipun hampir tidak dapat diangkat, hasilnya mungkin tidak memuaskan. Ada berbagai pendekatan pembedahan, seperti pendekatan frontal inferior, pendekatan titik pterigoid, pendekatan endplate, pendekatan kubah interkalosal atau pendekatan ventrikel lateral melalui korteks, pendekatan sinus pterigoid, pendekatan gabungan, dll. Radioterapi dianggap sebagai tambahan yang efektif untuk reseksi subtotal tumor primer dan pengobatan tumor berulang. Karena sifat jinak dari kraniofaringioma dan efek samping yang melekat pada radioterapi, sebagian besar dokter tidak merekomendasikan radioterapi rutin untuk pasien dengan reseksi tumor total. Namun, untuk tumor sisa pembedahan, radioterapi dapat dipertimbangkan. Dosis radioterapi eksternal konvensional tidak mudah dikelola dan sulit untuk mengontrol kekambuhan sambil menghindari atau mengurangi kerusakan otak yang disebabkan oleh radioterapi. Jika dosis radioterapi melebihi 55 Gy, tidak hanya tidak ada peningkatan yang signifikan dalam penghambatan kekambuhan tumor, tetapi juga kemungkinan reaksi toksik yang tertunda akan meningkat. Telah dilaporkan dalam literatur bahwa 32-33% anak-anak yang diobati dengan radioterapi harus menjalani pendidikan khusus karena berkurangnya kemampuan belajar. Komplikasi lain dari radioterapi termasuk pembentukan tumor yang disebabkan oleh radiasi (misalnya glioblastoma, sarkoma, meningioma), nekrosis otak akibat radiasi, oklusi pembuluh darah akibat radiasi, inflamasi pembuluh darah akibat radiasi, neuritis optik, demensia, kalsifikasi ganglia subbasal, disfungsi hipofisis-talamus, dan obesitas hipotalamus.