Bentuk patologis craniopharyngioma adalah pertumbuhan ekspansif berbentuk bola, tidak beraturan, atau nodular, dengan batas-batas yang jelas dan perbedaan yang jelas dalam ruang lingkup dan ukuran, sebagian besar kistik multilokuler atau sebagian kistik, dan beberapa di antaranya cukup besar, hanya berisi beberapa rongga kistik kecil. Kistik sebagian besar terletak di pelana, bagian kistik sering berada di parenkim bagian atas, permukaan dinding kista halus, ketebalannya bervariasi, tipis, seperti tembus cahaya, ada sejumlah titik kalsifikasi putih keabu-abuan atau coklat kekuningan atau bintik-bintik kalsifikasi, dan dapat mengeras seperti cangkang telur, isi kapsul untuk degradasi dan pencairan puing-puing sel epitel (bahan mirip keratin), cairan kapsul berminyak atau cairan keemasan, mengandung kristal kolesterol, umumnya 10-30ml, lebih banyak hingga 100ml. Cairan kistik berminyak atau kuning keemasan, mengandung kristal kolesterol internal, biasanya 10-30 ml, dan lebih dari 100 ml. Parenkim craniopharyngioma sering terletak di bagian posterior dan inferior tengkorak, yang berbentuk nodular dan mengandung fokus kalsifikasi, terkadang padat dan keras, dan sering melekat erat dengan pembuluh darah intrakranial yang penting, tangkai hipofisis, jalur optik, dan bagian anterior ventrikel ketiga, dan lain-lain, dan menekan struktur yang disebutkan di atas. Tumor juga dapat menyebabkan pita reaksi glial dalam jaringan otak membentuk selubung semu, yang kadang-kadang dapat menonjol ke dalam subthalamus dalam bentuk papilla, sehingga menyebabkan cedera pada subthalamus ketika tumor ditarik melalui pembedahan. Tumor parenkim biasanya terletak di pelana atau ventrikel ketiga dan lebih kecil daripada tumor kistik. Histologi kraniofaringioma dibagi menjadi dua jenis: epitel-epitel dan skuamosa-epitel. Yang pertama memiliki struktur tiga lapis, dengan lapisan terluar berupa epidermis berbentuk kubus silinder, lapisan tengah berupa sel epidermoid skuamosa poligonal yang kompleks, dan lapisan terdalam berupa astrosit. Lapisan terakhir terdiri dari sel epitel skuamosa yang terdiferensiasi dengan baik dan sebagian besar merupakan tumor besar. Pada populasi pediatrik, hampir secara eksklusif merupakan jenis epitel-epitel, sedangkan pada populasi orang dewasa, masing-masing jenis menyumbang setengah dari kasus.