Adanya kelainan pada rantai glikokonjugat dikaitkan dengan pembelahan sel kanker, sehingga tes antigen glikokonjugat memiliki beberapa signifikansi dalam diagnosis kanker, dan antigen glikokonjugat yang tinggi harus dikombinasikan dengan tes tambahan lainnya untuk membantu diagnosis. Beberapa orang termasuk dalam kategori antigen glikokonjugat 724 yang tinggi, yang lebih mungkin ditemukan dalam tubuh pasien dengan kanker saluran pencernaan, seperti kanker lambung, paru-paru, ovarium, dan pankreas, tetapi peradangan pada saluran pencernaan juga dapat menyebabkan antigen glikokonjugat 724 yang tinggi. Glycoantigen 199 yang tinggi ditemukan dalam tes yang berhubungan dengan kanker pankreas dan kanker kandung empedu, tetapi beberapa pasien juga dapat memiliki berbagai tingkat kadar yang tinggi karena pankreatitis, kolesistitis, hepatitis dan penyakit lainnya. Pasien dengan kanker pankreas dan kanker usus besar akan menemukan antigen glikokonjugat 242 yang tinggi ketika mereka menjalani tes, dan banyak juga yang akan memiliki kadar tinggi karena kolitis dan pankreatitis. Antigen glikokonjugat 125 yang meningkat dikaitkan dengan kanker ovarium, tuba fallopi dan serviks, dan beberapa kondisi peradangan ginekologi juga dapat menyebabkan antigen glikokonjugat 125 yang tinggi. Karena peradangan dapat menyebabkan antigen glikokonjugat tinggi, antigen glikokonjugat tinggi tidak memiliki nilai absolut dalam diagnosis kanker, tetapi hanya nilai referensi, dan perlu dikombinasikan dengan gastroskopi, kolonoskopi, dan pemeriksaan CT untuk memastikan diagnosis.