Cacat septum ventrikel, sebagai penyakit jantung bawaan, pada dasarnya merupakan displasia kongenital jantung janin, dan faktor apa pun yang dapat memengaruhi perkembangan jantung janin dapat menyebabkan kondisi tersebut.
Saat ini, faktor genetik dianggap sebagai salah satu penyebab utama defek septum ventrikel. Selain itu, infeksi virus, obat teratogenik dan paparan radiasi tingkat tinggi selama kehamilan ibu juga dapat mempengaruhi perkembangan normal janin dan menyebabkan perkembangan penyakit jantung bawaan seperti defek septum ventrikel.